Институт включает  10 лабораторий, каждая из которых фокусируется на специфических направлениях: спутниковые и геодинамические исследования, космический мониторинг ЧС, картография и ГИС, динамика литосферно-ионосферных процессов, моделирование водно-экологических ресурсов, диагностика и прогноз космической погоды, а также надежность космических систем.